是转逢和尚于1932年重建的，一座重檐歇山顶建筑，琉璃石柱，雕梁画栋，庄严肃穆。主要供奉过去、现在、未来“三世尊佛”，中间是释迦牟尼，东边是药师佛，西边是阿弥陀佛。
释迦佛两旁，还有两位尊者，东边是大弟子迦叶尊者，西边是堂弟阿难陀尊者，前面是千手千眼观音。民间传说：古时有个老人，养了三个女儿，一天老人病了，需要人眼做药引子。大女和二女都不管，而小女自愿献出自己的眼睛，治好老人的病。此事感动了释迦牟尼，便创造了一个千手千眼观音来纪念她，并站在自己的面前。
大雄宝殿建筑，体现了“闽南佛殿”四大特点：一、墙上有“清影摇风”、楚江秋吟”等山水花鸟画，和“神河沐浴”、“六年苦行”等释迦牟尼诞生故事的连环画。二、屋脊是弯月起翘、紫燕凌空，显得轻巧灵动。三、构造精巧，技艺讲究，屋脊嵌有“九鲤化龙”、“麒麟奔走”、“凤凰展翅”等图案，都是剪瓷镶嵌而成。四、建筑材料取材本地花岗岩、青斗石，所有梁、柱、础、斗拱、栏干都独具特色。
大悲殿
建于清初，被火焚烧。1930年太虚和尚重建，1962年重修。大悲殿内奉祀观音，其余三面为48臂观音，掌中各雕一只手眼。手上持多种法器，姿态不一，各臻其妙。
大悲殿为八角三重飞檐，全以斗拱架叠建成，殿内藻井，全用木料斗拱，不用一支铁钉。仰视藻井，别致美丽。
藏经阁
为两层文物楼。建于1936年。楼下是法堂，是僧人讲经说法的地方。二楼是玉佛宝殿，有缅甸玉佛28尊，并珍藏中外佛典经书数万卷。其中较为珍贵的有宋代《碛砂藏经》，明代《大藏经》、《佛说阿弥陀经》、血书《妙法莲花经》、《日本大藏经》等，还有唐代铜佛、宋代铜塔、明代观音菩萨施甘露像，以及高僧大德的墨宝。
1924年，南普陀寺由临济宗转逢和尚改为十方丛林选贤制，会泉法师任第一任方丈。寺内有1925年创办的为国内最早的佛教学府－－闽南佛学院。1934年，弘一法师又增办佛教养正院，迎来了南普陀寺建寺以来前所未有的兴旺时期。1937年，佛学院因抗战而停办。十几年间佛学院共培养学生200余人，不少人为马来西亚、新加坡、菲律宾等东南亚国家的佛教事业做出巨大贡献。1985年，佛学院重新办学，现设养正院、预科班、正科班，各为两年制，1992年起又增设二年研究班，在国内及东南亚地区有着广泛的影响。南普陀寺与厦门大学仅一墙之隔，却两种意境；”古朴与摩登并存，小和尚和大学生为邻。”
2007年3月份，南普陀寺西片区环境改造工程启动，新建的功德楼项目已确定中标单位并开始施工，它与将兴建的上客堂一起构成南普陀寺西片区最亮的风景线。