黄龟年字德邵，祖籍福建永福，因其父死于浙江，葬后举家居住鄞县。北宋崇宁五年(１１０６年)登进士第，次年授洛州司理参军，三年后改授河北路提举学事。宰相吕颐浩赏识他的才能，内调为太常博士，北宋靖康元年(１１２６年)任吏部员外郎，次年升任监察御史。南宋建炎四年(１１３０年)十月秦桧从金营巡回临安，宋高宗赵构重用为礼部尚书，绍兴元年(１１３１年)二月秦桧升任参知政事，八月又升任右仆射同中书门下平章事兼知枢密院事，是宰相的职位。力主与金兵议和，绍兴二年使臣王伦(１０８４年～１１４４年)从金朝放归，建言朝廷警惕金营和议诚意，遭到秦桧的压制，黄龟年连奏三本弹劾秦桧“专主和议，阻止恢复，植党专权，徇私欺君，合正典刑”，由于当时主战派的压力，宋高宗罢免秦桧相位，但仍任江州太平观提奉，黄龟年又上章奏，揭露秦桧的罪恶“白于天下”，于是朝廷将秦桧“隐恶暴白，驰告州县”。绍兴三年(１１３３年)黄龟年任中书舍人兼给事中，在皇帝身边做事，主张抗金北伐。

绍兴八年(1138年)，秦桧再次拜登宰相“对凡主战之臣，诛锄殆尽”，黄龟年被免职后移居湖州，次年，龟年与兄鹤年为避祸来昌国县马秦山隐居，直至绍兴十五年(1145年)死于隐地，享年６３岁，他在桃花岛居住七个年头。

据元《延佑昌国志》记载，龟年与兄鹤年“避祸绝人事，与方外交，有石面平五丈，与僧马耆，处士张光赋诗于碧云庵”。其兄黄鹤年未列功名，曾担任录事，是州县官吏。处士张光在清《定海厅志•人物》载其隐居马秦山不仕，其居“山苍崖崛起，长风怒涛”，“给事中黄龟年忤秦桧落职亦构山房于此”，显然他们是邻居，明人黄晋有首《题给事山房》的诗，证明至少在３００年后山房旧迹尚在。