当年11月，施琅率大军驻在莆田沿海平海澳。时天大旱，已持续七个多月没下雨了，饮水成了大问题。平海天后宫前左有一甚浅的水井，距海不远，渍卤浸透水有咸味，勉强可供食用。雨水正常时，这口水井就不能供百口民众饮用，哪有水能供施琅三万大军所需呢？水，成为困扰施将军的大难题。施琅对此感到十分不安，士兵没有水喝，怎能有心去收复台湾呢？

忽一日，施将军想起驻地有座天后宫，何不如到宫中烧香祝愿向妈祖祷告，祈求赐水，以解眼前困难。祷毕，他就命士兵把原来宫前那口水井重整深挖。掘没多深，忽然间泉水从地下涌出。水味甘而无苦涩。

施琅和士兵们喜出望外，雀跃欢呼。妈祖在天之灵暗中扶助施琅。这口井水源源不断，从当年11月至翌年3月，昼夜汲不竭，可供三万多兵士所需，军心稳定。

水问题解决了，使施琅能顺利做好收复台湾的准备工作。他为感激妈祖神功，便在井旁立一石刻，名曰：“师泉”。昭神贶也，万古不朽。施琅并作师泉井记。师泉井、碑刻和师泉井记今犹在平海天后宫。当时，天后宫因康熙年间截界，庙宇圯废破烂不堪，仅有数椽可蔽神像。

施琅感天妃赐水之恩，便动员各营士兵捐俸，重建天妃庙宇。康熙22年6月，施琅率领三万大军渡海征台。澎湖岛是中道之冲。要收复台湾，必先攻克澎湖。在征战时，士兵在舟中都感到神妃如在左右。有妈祖神灵扶护，大家更加威武雄壮，奋勇杀敌，喊声震天。烟雾迷海，战船破浪前进，左冲右突，凛凛神威震慑敌人。敌众死伤甚多，血染海水。敌兵落水淹死者也不计其数，施琅将军首战告捷，为收复台湾扫除了障碍。

据传说，施琅的左营千总刘春在征战之前，一天晚上曾梦见天妃。她告曰：“21日必得澎湖，七月可得台湾。”果然后来这些预言均成为事实。就在6月22日施琅大军与敌兵鏖战时，平海乡人在天妃宫中见到天妃衣袍透湿，其左右二神将两手起泡。这些都是天妃助战的征象。是日，施军澎湖一战大捷，即是天妃神灵暗中默助之功。此事当时在军中广为传颂。