清同治十三年(1874年)，由於日寇侵略台湾，派兵占台南琅懋、牡丹等地，清廷委任沈葆桢为钦差大臣，督办台湾军务，并兼理各国通商事务。沈葆桢到了台湾，积极加强战备，坚守城池，不久就迫使日寇知难而退，不得不“遵约撤兵”了。

沈葆桢守住台湾后，立即著手进一步的开发。其主要的功业有以下几方面。

开禁

清政府对台湾有两条禁令：一是严禁内地人（主要指福建沿海地区居民）偷渡台湾；二是严禁已居留在台湾的人民“私入番区”，即漂洋到南洋各国去。这两条禁令严重阻碍了台湾发展。为此，沈葆桢上书朝廷，请准予开禁。后来清政府依照沈葆桢的奏摺办理，解除了禁令，从此福建沿海的人力、物力、生产技术源源不断地流向台湾。如果说郑成功收复台湾带动了福建沿海人民第一次大规模移居台湾，那么沈葆桢促使清政府解除禁令，则引发了福建沿海人民第二次大规模移居台湾。从此以后，台湾的人口大量增加，台湾和大陆可以自由通商、通航，带来了台湾经济的一次飞跃。没有大陆同胞，根本就不可能有台湾经济的繁荣。

开府

台湾原是福建一个府，府治设在台南。但当时台北的广大地区，都尚未建立政权机构。台南的政府对台北广大地区鞭长莫及。沈葆桢为了加强对台北地区的开发，向清廷奏请另设一个“台北府”。在台北府的管辖下，新设置了淡水、新竹、宜兰三个县治。这样便加强了对台湾事务的掌控。同时，沈葆桢还奏请将福建的巡抚(省政府)移驻台湾：一年之间，春冬驻台，夏秋回省。也就是说，福建的巡抚，一年之中要有一半的时间移到台湾去办公。这样一来，台湾与福建的关系就更加密切了，后来台北成为全台湾的政治经济中心，这和沈葆桢的“开府”措施是分不开的。

开路

要发展台湾经济，必须开山开路。过去台湾经济的开发，都限於沿海平原地区。而台湾内地，仍有大片原住民聚居地未开垦，交通不便。要发展这些地区，首先就要开山开路。这是一项十分艰钜的工程。沈葆桢在《至陆存斋观察》信中说:“防倭易而开山难，开山则南路难而北路尤难，愈进而需兵愈多。番社愈僻则愈愚而愈毒，经费滋钜，恩威而窒矣。”而当时开山开路时，往往“进一步则需筑一堡，驻一哨。”由此可见，沈葆桢对台湾，不但在防倭方面功绩很大，而且对台湾的交通发展也立下了不朽的功勋。关於在台湾开山的艰钜程度，又在他的《北路中路开山情形折》中写得更为详尽。当年如果没有沈葆桢带领大陆同胞，尤其是大批的福建移民，在台湾开山开路，打下交通的基础，那么台湾也不会有今日的繁荣。

开矿

台湾的矿物资源非常丰富，据近代的调查，全省共有八十多种矿物，尤以煤矿为多。早在沈葆桢去台之前就已有开采。旧制度规定，台煤的出口和进口，都徵同样的税率，这不利於矿产的开发。沈葆桢治理台湾时，减轻了对台煤出口的税收，从而鼓励了台湾煤矿的开采，对地方经济的发展起了促进作用。沈葆桢非常熟悉台湾的实际情况，他认为煤矿是当时台湾经济的基石，必须优先发展。在《台煤减税片》中，他说：“垦田之利微，不若煤矿之利钜，垦田之利缓，不若煤矿之利速，全台之利以煤矿为始基，而煤矿之利又以畅销为出路。”而要畅销，又必须减税。所以他最后请求清政府准予台湾的煤矿减免出口税收。

沈葆桢对台湾的治理开发，在台湾的发展史上写下了伟大的一页。连横评述道:“析疆增吏，开山抚番，以立富强之基，沈葆桢缔造之功，顾不伟欤!”这个评价是公正的。（廖楚强）