邱氏发祥地山东营丘。西晋末年，永嘉之乱，中原版荡，邱氏三十一世祖晋参军给事中夷公伯高携眷从肇基地固始偕同衣冠八姓（林、黄、陈、郑、邱、詹、何、胡）南渡闽疆，史称“八大姓衣冠入闽”，为邱氏入闽始祖。

宗祠始建于宋代年间，址在泉州市区西南临漳门内植福里，称“清源邱氏世家”。宋绍兴年间，尚书李纲忠定公为“上邱邱氏宗祠”之记，颂称“晋江祠清源”为全国邱氏三大祠堂之一。旧祠堂经乱残毁殆尽，至元代，邱氏六十一世祖武略大将军顺卿公肇基市郊潘山街，并主合清源、大仑、武荣同祖共宗重建“潘山之祠”，然世情沧桑，年久失修。

际兹开放改革，政通人和，百业在兴之盛世，得泉州市所辖县（市、区）以及同安、仙游等地邱氏宗亲再次协力捐资，于1997年在原“潘山祠堂”旧址，复建“泉郡邱氏宗祠”。