父庄龙光，万历丙子科（1576年）副榜赠左春坊左庶子兼翰林侍读（清·周学曾等《晋江县志》）。母陈氏（1555－1588年）桐城镇抚巷人，是诸生陈完公的女儿，曾祖父为四川涪州别驾（《青阳庄氏震远公派下谱牒》：清·同治壬戌年仲夏修）。

庄际昌少年时回籍，在永春县岭头庵——丛桂庵读书，后参与永春童子试，为知县陈龙所拔取，并“许以大魁”（许愿他殿试第一，即状元）。

万历四十三年（1615年），由永春县学推选参加乡试，中举人。万历四十七年已未（1619年）中进士，历会试第一名（会元），廷试第一甲第一名（状元），是整个明代惟一连中会元、状元的福建人。庄际昌才学渊博，文思敏捷，聪慧过人，但因制策“醪”字偶误为“膠”字，数目字误写，卷面稍有刮补，被忌者指摘，未能授职而归。虽高中状元，但居家不骄不馁，不忘为家乡兴利除弊。

天启元年（1621年），庄际昌补授翰林院修撰，参加编修国史。

天启三年（1623年），任经筵展书，直起居注，编辑六曹章奏和《光宗实录》。书成，赐白金和文绮，加俸一级。又奉派出使册封赵藩王，藩王赠以珍宝，庄际昌辞曰：“王臣公开宠赂，国法如何维护？且贪污成风，我有何面见乡民？！”

天启五年（1625年），庄际昌任会试考官。考试之日，题目尚未发下，主考令人传呼帘官。庄际昌坚持不可，认为内外防范，此乃防一溃，否则众制尽溃。时宦官魏忠贤操纵朝政，主持考试的官员，多为魏忠贤私党，庄际昌据理力争，无所顾忌。后撰写诰敕，两次拒绝魏忠贤私请，魏忠贤怀恨在心。

天启六年（1626年），庄际昌会修《三朝要典》，魏忠贤横加干预。庄际昌说：“是何故要以国典为刑书呢？！”被罢职，返籍归乡。

居家（泉州）时，庄际昌兴利除弊。这一年冬天，海疆不宁，他约定乡邻，编队守望，保卫乡里；又捐资修筑晋江溜石陡门，扩大规模三分之二，内蓄溪流，外捍海潮冲啮，四十二乡田地得以灌溉。

明·崇祯元年（1628年），魏忠贤伏诛，庄际昌被起用为右谕德。赴任途中，又被提升为春坊左庶子兼翰林院侍读。至京后，赐镪楮珍膳，授记注。在职期间，秉笔记言，坚持正道。每日黎明入朝，夜二更方罢，劳累而不顾休息。

庄际昌善于诗文，濡笔立就而天成；字劲遒，不喜摹帖。喜游山玩水，曾登武夷，历五岭，游桂林，所到之处，皆有吟咏题刻。平生喜引掖后进，文章有可取者，必加赞扬，使其成名。

崇祯二年（1629年），庄际昌病逝官邸，崇祯帝特赠詹事府詹事。运灵柩回晋江，葬于青阳山左麓，生前自题：“羹元真息”，并题小联“昔年忙半仙，四大本归虚”。邑人为念其德，扬其才，颂其功，于泉州郡城泮宫内府学西侧，建有庄际昌“状元祠”祀之（今尚存）。

著有《羹若文集》、《霞栖藏稿》等四本文集。