颜思齐精通武技，强壮有力，平日以缝纫为生。明末政治腐败，社会动乱，百姓处于水深火热之中。明万历四十年（１６１２年），颜思齐忍受不了势家凌辱，愤然杀了仗势欺人的恶奴，辗转逃亡到日本长崎避难。初仍以裁缝谋生，后来转为从事中日间的海上贸易。数年后，由于他精于经营，渐有家财，更因仗义疏财，广交朋友，在旅日华人中成为众望所归的头面人物，平户当局委他为管理华人的甲螺。

当时，日本当局鼓励华人往日本长崎经商，除了免除关税，还给予旅行居住自由和船只遇险抢救等优惠。中国商人也不顾明朝政府的海禁禁令，冒险经商，往来于福建沿海及日本长崎的中国海船颇多，这就给颜思齐提供了结识闽南商人大好机会。

明天启四年（１６２４年）六月，颜思齐与杨天生、洪升、陈勋、张弘、陈衷纪、林福、李英、庄桂、杨经、林翼、李俊臣、黄碧、张辉、王平、黄昭、郑芝龙（原名一官）、何锦、高贯、余祖、方胜、许妈、黄瑞郎、唐公、张寅、傅春、刘宗赵、郑玉等２８人结盟为兄弟，并被推举为盟主。由于当时日本处于德川幕府第三代将军德川家光的统治下，农民走投无路，生活十分贫困。颜思齐等同情日本民众的处境，决定参与日本民众的政治斗争。他们商议于８月１５日起事，先夺取炮台，后攻占长崎政府。但由于李英在参加杨经１３日寿诞时，欢饮过度而泄露机密，遭幕府缉捕。幸而郑芝龙的丈人翁翌皇得到消息，他们才于十四日下午分乘１３艘帆船逃离日本。在夜泊九州西海岸的外岛洲仔尾时，他们就去向问题展开讨论，最后采纳陈衷纪占领台湾的建议。同年八月二十三日，颜思齐一行在台湾笨港（又称“北港”）登陆。

登陆后，颜思齐带领大家以诸罗山为基地，安寮设寨，抚恤平埔族。并分为十寨，各设寨主，建立管理制度，进行大规模垦荒活动。由于经营声势的影响，闽南的亲族旧故，约３０００余人陆续来台投奔。如郑芝龙之弟芝虎、芝凤（后改名为鸿逵）、芝豹及堂兄芝莞等郑氏宗亲，都乘渔船来台，聚落成村，从事农耕。后人记载有“中土人之入台湾，自思齐始”之说。

随颜思齐等入台的人中，有人精熟航海技术，懂得经商和农耕，他们致力山海开发，并以原有１３艘大船进行海上贸易，筹集岛上生活、生产必须用品和资金。并在笨港东南的平野，进行市政建设，建成“井”字形街道，分九区成首都，中区筑大高台为“开台王府”，东区为读书堂，西区立天妃祠，南区军营，北区仓库。

天启五年（１６２５年）九月，思齐往诸罗山打围，因偶感风寒，医治无效而病故，终年３７岁，葬于诸罗东南三界埔山尖田山巅。是年十二月，众人推选郑芝龙为首领，继续开台事业。为纪念颜思齐的开拓功迹，在新港妈祖庙前兴建“思齐阁”和“怀笨楼”。思齐阁高达五层，是新港观光胜地之一，妈祖庙是新港古庙，至今还珍藏着颜思齐建筑开台营寨的蓝图。