清代厦门是台湾对大陆贸易最重要的港口。厦门地处九龙江入海口，其腹地主要在漳州。因此，厦门港成为九龙江流域广大地区和台湾商业往来的中转站。在厦门对台贸易总额中，漳州地区占很大的比重。研究漳台贸易，首先必须肯定厦门港的巨大作用。

就漳州地区而言，和台湾发生商业联系的港口。可分为河港和海港两类。河港中著名的有浦头港、石码港、云霄港等。海港方面主要的有铜山港、旧镇港、宫口港、佛昙港、下寨港等。

清代漳州的交通运输主要靠江河。漳州至石码的公路，一九一九年三月正式通车，是闽省最早通车的一条公路。九龙江是昔时漳州交通运输的大动脉。浦头港和石码港就是九龙江两个最重要的商港。浦头港处西溪航道，漳州府城东厢。石码港处西溪、北溪汇合后的九龙江下游。西溪航线天宝，靖城、山城、山格、琯溪、坂仔、船场、奎洋各地；北溪航线江东、郭坑、浦南、潭门、新圩、华崶、长泰、岩溪等地，河运之货物多在浦头或石码集散。凡输往台湾的商品，因河运之船皆为平底木船，到下游水深浪大不适于航行，也须到浦头或石码转驳赴厦门，再运往台湾。从台湾销往九龙江流域的商品，也运至厦门、石码或浦头，再转运各站点。浦头港货物集散设有四个码头：周爷楼码头、米坞码头、大庙前码头和广兴码头。由于航运发达，商贾云集，浦头先后形成了米市、盐市、粉街、鱼市、果市等市街，统称“浦头市”。鱼市中，除了来自厦门、漳浦、海澄、云霄的鱼货外，有来自台湾的海参、鱿鱼、咸鲳等。米市中，台湾大米也源源不断。不仅漳州各县商贩来采购，龙岩、长汀、永定、漳平等地的商人也频频光顾。浦头的面线很有名气，大量销往厦门、台湾、香港各埠，并有浦头商人在台湾开面线行。有的专营漳绒、漳缎等商品。石码港在顺治年间已是九龙江下游的重要商埠。沿江内地土特产，多以石码为集散地，转运厦门出海。石码的船只也可直通台湾。据晚清从事此业的老船员介绍，石码到台湾的船只，每艘船员约二十人，载货一千担至一千四百担。船出九龙江，锚泊金门，如风、潮平顺，晚上开出，次日晨抵澎湖，再驶出，到高雄、梧栖、鹿港等港口。清代石码通判石山有诗云：“南洋名胜地，石码更称雄，金厦如襟带，澎台接舰艟。”反映了石码与台湾的关系。

云霄港地处漳江下游。船出漳江口，进入东山湾，就可直驶台湾。清末，云霄航业拥有帆船三十余艘。所有帆船均属商户所置，即商人自购船舶，自家营运，船到那里，生意就做到那里，买进卖出，把船只当作流动的商店和仓库。云霄商界称航行温州、宁波、上海的商船叫“北船”，航行广州、香港的为“南船”，专营厦门、汕头的叫“下山船”，“下山”即厦、汕的谐音。此外，还有一条叫做“过横”、“横洋”的航线，专营台湾生意。“过横船”(或叫“横洋船”)实际上是船头行，船主在云霄和台湾都有商务联系。从云霄运去陶器、瓷器、烟叶、杂货等，从台湾载回稻、白糖、煤油等，销往平和、漳浦、诏安等地。日据时期，云霄商人方席珍、方凰山、吴耀文三人合资，在台湾向日本北海道臼杵机器厂定购机动船建东号，在基隆开始启用，经营云霄和台湾、上海等地的贸易。该船从一九二六年投入运营，直到台湾光复后仍在航行。在云霄机动船中，航龄最长，赚钱最多，在促进漳台商品流通方面起了很大作用。继建东号后，云霄商界又先后有和通号、美成号、建南号等商船加入海峡贸易行列。台湾退休渔船人鼠凡号、荣兴凡号等，也都运载货物进云霄港交易。一九四五年台湾光复后，漳台贸易出现一个繁花似锦的时期。云霄商人纷纷航行台湾。如集顺行老板方传芳，一九四六年到台湾做大米生意，专门在台湾买了一艘机帆船，装载一千二百担大米，满船而归。

漳台贸易中，漳属沿海各港口扮演着至关重要的角色。铜山港尤其突出。铜山港所在东山湾，由东山岛、古雷半岛和其它陆地环抱，形成一口小腹大的天然深水港湾。湾内岸线长一百四十一公里，海域面积一百八十九平方公里，平均水深十六米，最深处三十六米。航道宽阔平直，各种船舶进出港不受潮水限制。《东山县志》载：“清时，商人集巨资驾帆北上而至宁波、乍浦、上海和天津；东驶台湾、澎湖等港。”据欧庆彰先生的调查，清领台湾后，铜山与高雄、澎湖、基隆、淡水的贸易日渐繁盛。嘉庆年间，有开荣号、清河号、文周号和金顺美号等商船，航行于铜山至高雄、台南、东港、东石、基隆、马公和布袋嘴等地。从铜山运出竹器、瓷器、米粉、土纸、土烟、酒类等土特产品。从台湾运回白糖、稻谷、水果、苧麻、桐油和花生饼等货物。民国十三年(一九二四年)，铜山港首次向台湾商人租用晴荣凡号、中兴凡号电汽轮，运载客货航行台湾航线。自此，电汽轮船在铜山港大量增加，来往于铜山与台湾之间。台湾光复后，铜山港与台湾的贸易，进入一个最辉煌的时期。川走铜山至澎湖、台湾航线的商船多达一百多艘。其中很多是最新投入运营的电汽船，不少渔船也受雇于商户，参与运货。东山人这时期去台湾行医、造船、补网、做饼、开点心店的很多。台湾商人、船员和铜山姑娘结婚的也不少。可见两地商务和人员往来十分频繁。

铜山港之外，漳浦旧镇港、佛昙港、下寨港、诏安宫口港等，也是漳州境内重要的对台贸易港。旧镇港位于鹿溪入海处的凹岸，并有浯江注入，外接浮头湾。东北陆鳖半岛，东南古雷半岛如双臂拥抱，形成天然屏障。整个港区呈口窄肚宽之状。明代旧镇船舶就与东南亚各国及台湾通商贸易。清代漳浦人迁台多由此启航，漳浦与台湾贸易货物多在此集散。民初除帆船川走台湾航线外，又有镇安号、崇胜号等汽船加入行列，抗战胜利后又增加了海平号、达顺号、陆鳌号汽船，在两岸穿梭来往。佛昙港由井美半岛环抱，也是一个口小腹大的半封闭形内陆港，清代至民初，佛昙一带土特产输台多由此营运。下寨港位于东山湾湾顶，因其易于隐蔽，明清两朝走私货物很多在此装卸，和台湾贸易数额也不少。漳浦、云霄与台湾交易的货物部分在此转运。诏安宫口港地处东溪出海口左岸内湾，港呈南北走势，东西两端有陆地掩护。明代宫口港又称梅岭港，是东西洋私人海上商船的中继站。据记载，明末港区内从事海上贸易活动的商人，最繁盛时逾万人，成为中国海商活动的中心和外国人经商的据点。清领台后，宫口港对台贸易兴盛。漳州南部地区对台贸易货物，多由此进出。